Olá Alessandro,
A SAP havia liberado a Nota 1711453para tratar algo parecido com o que você mencionou, porém se aplica só para PIS e COFINS. Lembro-me que um cliente em que eu estava se justificou justamente utilizando o argumento do lucro presumido. Não sei se foi isto que determinou a SAP criar a Nota, mas foi um dos argumentos na época.
Bom, apoio a sugestão do Eduardo de utilizar o canal do ideas place.
Por se tratar de uma legislação, que parece ser comum (não tão exclusiva), talvez valha a pena confirmar isto junto à SAP através de um chamado para que eles verifiquem junto à equipe de desenvolvimento a possibilidade de receber automaticamente estas NF-e emitidas.
Boa sorte!
Att,
Bruno Duarte